盘古开天辟地后，世界原本只有善恶两神所统治的神魔界。女娲造人后才开创了人类与神魔共处的时代，起初人类的活动空间不大，与神魔之间相安无事，但逐渐人类的快速发展和大量开发缩小了神魔的生存空间。这种激进的行为终于触怒了神魔界，掌握邪念的恶神和其麾下的妖魔决心要毁灭人类，但碍于执掌善念的善神的反对，使得恶神一直无法如愿，人类才得以躲过了一场浩劫。

经过了几千年的和平光阴，有一天妖魔宪然向人类攻击，人类的浩劫还是降临了。妖魔们摧毁村庄和一切人类创造的文明。更令人吃惊的是，从虎口逃生的人的口中得知善神决定与恶神联手毁灭人类的事实。失去了善神庇护的人类，面对凶猛的妖魔毫无抵抗能力，但此时出现了一位手持轩辕剑的侠士，组织众人组成一支抗魔军，发挥人类的凝聚力，压制住妖魔的攻势。

然而好景不长，在善恶两神亲率妖魔的联手攻击下，抗魔军全部惨遭杀害，从此人们只有生活在妖魔的阴影下，以残余的力量与妖魔抗衡，直到16年后的一天，主角燕赤霞——也就是轩辕剑侠之子，经过一番历练之后，开始调查善恶神夹击人类的原因。