《狙击手幽灵战士》的故事发生在一个叫做Isla Trueno的南美小岛上。岛上的Vasquez将军率领其军队推翻了当地政府，用暴政控制整个小岛。而玩家作为秘密突击队的一员，需要潜入敌军的大本营，一举推翻这个不合法的政府。可靠消息称，Vasquez将军将在一个旧的精炼厂中与他的同伙们举行一个会议，而这也将是进行暗杀的绝佳机会。但是就当突击队到达了这个小岛的时候，整个计划都已经乱套了。突击队成员们需要运用自己卓越的战斗技巧和高超的求生能力完成任务。