这款游戏的剧情设定也十分有趣，《重返德军总部：新秩序》的故事年代背景发生1960年，在游戏世界里，德国纳粹军赢得了第二次世界大战，故事由此展开。

在游戏中，玩家将扮演一个美国大兵B.J. Blazkowicz，这位英雄将要接受一个艰巨的任务，去发动一场“无可反抗的进攻”，以反抗黑暗的纳粹军团，在游戏世界里，德军早已统一了全世界，玩家需要在重重困难下完成这个艰巨的任务。此外，欧洲战场的设定十分特殊，玩家可以混进纳粹军内部，并通过各种方法抢占军事据点，一旦玩家成功占据了某些要塞，还将获得一些超级武器的使用权，而这些超级武器，原本是纳粹军用来征服地球的工具。