《神田川JET GIRLS》以架空的近未来东京作为故事舞台，这是环绕着少女们发展开来充满热血且爽快感满分的赛艇竞技游戏。这是一个以「赛艇」为主流运动的世界，操作赛艇的「骑手」和用水枪攻击对战对手的「射手」二人一组骑乘赛艇，驰骋于水上的竞技运动。各式各样的赛道和赛艇，自定义赛艇＆角色以及时间竞赛模式。

主角「波黄凛」的母亲是传说中有名的「骑手」，自已也梦想成为赛艇手，因此从故乡的小岛前往东京的浅草追梦。
在东京遇上了冷酷美少女「苍井美纱」，两人成为搭挡。
随着与充满个性的12名竞争对手的赛艇对战，逐渐加深彼此的羁绊。

这是少女们怀着热血赌上青春的赛艇竞技故事。