《命令与征服4》的故事主要是发生在《命令与征服3：泰伯利亚战争》之后，当2062年人类正濒于灭绝的危机，地球仅剩下6年的时间可以居住，两个对立的派别全球防御组织（GDI）与NOD兄弟会(NOD)终于发现他们必须阻止泰伯利亚扩散，以避免毁灭人类；NOD的领导者凯恩决定朝GDI出发，到底凯恩计划在他长久的敌人之地做什么？ 《命令与征服4》将为这个泰伯利亚世界带来最后的史诗级结局，玩家终将了解包括NOD、GDI与地球的最终命运，还有最重要的、就是在凯恩长久计划下的真正动机。